自学考试考生通过本科毕业论文的登记审核，即进入毕业论文写作阶段。
　　在进行登记时，自考办通知考生听论文讲座的时间和地点。讲座上，高校主管该专业论文的老师根据个人的选题方向，将考生分配到有关的教研室，然后由教研室具体指派导师。
　　导师确定后，考生应及时、主动地与导师联系，尽快见面。而在见面前这段时间，考生应积极地准备自己的论文，尽量收集材料，形成论文的基本写作思想和提纲，以便与导师交流，使导师有的放矢地加以指导。
　　一般说，导师会给考生推荐一些参考书或资料请考生借鉴，对考生的论文写作提纲也会作一些调整和修改。考生应按照导师的要求完善自己的论文。论文从提纲到成稿的过程中，一般要有多次反复。考生应该虚心接受导师的指导，认真地对自己的论文进行修改和完善。
　　论文最后由导师定稿。定稿后的论文，考生应将其打印多份，为论文答辩做准备。需要指出的是，论文的写作是有时间限制的，一般专业，12月底登记的考生，应在5月上旬完成论文的定稿；而6月底登记的考生，则应在11月上旬完成。论文定稿后，由系组织论文答辩。个别专业，作毕业论文时间为一年，考生进行登记后，由主考学校具体安排通知。
　　论文答辩的程序基本由三项组成：考生简单地阐述论文的写作动机、内容梗概和基本的观点；答辩小组成员就考生论文内容进行提问；如果答辩小组认为必要，还会对涉及论文的专业范围内的其他问题加以提问。这些提问都需要考生认真加以回答，并会影响到考生的论文成绩。
　　考生通过论文答辩后，其本科论文即告完成。之后，考生须在12月（或6月）15日—17日，到区县自考办领取论文成绩并申办毕业。